Rozstrzyganie wątpliwości w stosowaniu ulgi B+R i preferencji IP Box

Data dodania: 29 listopada 2022

Bez względu na dziedzinę prawa, w praktyce nie zdarza się, by nowe przepisy nie budziły żadnych wątpliwości. Poniżej przedstawiamy wybrane orzeczenia i interpretacje, które kształtowały praktykę stosowania ulgi na działalność badawczo-rozwojową (B+R) oraz preferencji IP Box.

B+R w PGK

Podatkowa grupa kapitałowa (PGK) jest specyficznym podatnikiem CIT, który może być tworzony przez spółki powiązane kapitałowo. Przedmiotem opodatkowania w PGK jest skonsolidowany dochód podatkowy, stanowiący nadwyżkę sumy dochodów spółek wchodzących w skład grupy nad sumą ich strat.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (KIS) potwierdził prawo PGK jako podatnika CIT do dokonania odliczenia kosztów kwalifikowanych ponoszonych przez spółki należące do grupy z tytułu ulgi B+R (tak np. w interpretacji indywidualnej z dnia 15 maja 2019 r., sygn. 0114-KDIP2-1.4010.113.2019.2.MR). Dyrektor KIS kwestionował jednak możliwość zastosowania ulgi B+R przez PGK w sytuacji, gdy pojedyncze spółki wchodzące w skład grupy odnotowują jednostkową stratę lub mają niewystarczający dochód. Jak wskazały wojewódzkie sądy administracyjne (WSA), w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych brak przepisów, które uzależniałyby prawo PGK do odliczenia wydatków kwalifikowanych od tego, czy poszczególna spółka uzyskała dochód, czy stratę (Wyrok WSA w Warszawie z 28 stycznia 2020 r., sygn. III SA/Wa 1638/19 oraz WSA w Opolu z dnia 20 października 2021 r., sygn. I SA/Op 312/21; orzeczenia nieprawomocne). Zgodnie z tym stanowiskiem, również w sytuacji, kiedy dochód spółki tworzącej PGK jest niższy od kwoty przysługujących jej odliczeń, PGK może skorzystać z odliczenia kosztów kwalifikowanych w pełnej wysokości (o ile suma dochodów oraz strat wszystkich podmiotów wchodzących w skład PGK przewyższa sumę kosztów kwalifikowanych podlegających odliczeniu w ramach ulgi B+R).

Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) orzekł, że wzajemne rozliczenia pomiędzy spółkami tworzącymi PGK nie mogą zostać uznane za zwrot kosztów kwalifikowanych, co wykluczałoby je z kalkulacji odpisu w ramach ulgi B+R (wyrok NSA z dnia 29 września 2021 r., sygn. II FSK 436/21). NSA potwierdził tym samym możliwość dokonania odliczenia kosztów kwalifikowanych poniesionych w związku z transakcją wewnątrzgrupową (działanie na zlecenie innej spółki z PGK).

B+R a dochód zwolniony

Dochody z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwolenia na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz dochody osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu podlegają zwolnieniu od podatku (stanowiąc formę pomocy publicznej o limitowanej wysokości). Zgodnie z przepisami o uldze B+R, podatnikom, którzy w roku podatkowym korzystają z przedmiotowych zwolnień, prawo do odliczenia w ramach ulgi przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez nich uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku.

W sprawie dotyczącej możliwości odliczenia w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych, które zostały uwzględnione w kalkulacji dochodu niezwolnionego w części z podatku (ze względu na wyczerpanie przez podatnika limitu pomocy publicznej) orzeczono, że rzeczywista wysokość przysługujących zwolnień jest nierelewantna, ponieważ dotyczy dochodu już obliczonego oraz skalkulowanego na potrzeby zwolnienia (wyrok WSA we Wrocławiu z 22 października 2020 r., sygn. I SA/Wr 325/20; nieprawomocny). Tym samym, prawo do odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie stanowią kosztów prowadzenia działalności strefowej, ani działalności objętej decyzją o wsparciu, przy czym bez znaczenia jest fakt jedynie częściowego wykorzystania zwolnienia.

Prowadzenie ewidencji dla potrzeb IP BOX

W przedmiotowej sytuacji podatnik, który wystąpił z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w celu potwierdzenia poprawności prowadzenia ewidencji IP BOX, spotkał się z negatywną oceną organu dotyczącą terminu sporządzenia ewidencji dla potrzeb skorzystania z preferencyjnego opodatkowania. W ocenie Dyrektora KIS, wnioskodawca nie był uprawniony do skorzystania z preferencji IP BOX za poprzednie okresy rozliczeniowe, ponieważ zaczął prowadzić ewidencję dopiero po ich zakończeniu.

Podatnik zaskarżył otrzymaną interpretację, w wyniku czego otrzymał pozytywny dla siebie wyrok sądu administracyjnego (Wyrok WSA w Warszawie z dnia 10 listopada 2021 r., sygn. III SA/Wa 1173/21; nieprawomocny). Sąd uznał, że dla celów obliczenia dochodu z kwalifikowanego IP istotne jest, by ewidencja ta była prowadzona w sposób należyty tak, aby móc w rocznym zeznaniu podatkowym wykazać łączną sumę przychodów, kosztów podatkowych, dochodów, strat, dochodów podlegających opodatkowaniu stawką 5% oraz dochodu, który nie będzie podlegał preferencyjnemu opodatkowaniu.

Nie ma zatem podstaw do uznania za prawidłowe stanowiska, zgodnie z którym warunkiem uznania ewidencji za prawidłową w rozumieniu przepisów o preferencji IP Box (spełniającą cel tej regulacji) jest jej prowadzenie „na bieżąco”, to jest prowadzenie jej już od początku okresu, za który podatnik chce następnie skorzystać z preferencji oraz dokonywanie w niej zapisów w sposób sukcesywny.

Obowiązek dokonania przez organ oceny czy działalność jest działalnością badawczo-rozwojową

Zakwalifikowanie działalności jako działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu przepisów o IP Box bardzo często jest dla podatników problematyczne. Z przedmiotowym problemem zmierzył się pewien informatyk, który chciał skorzystać z preferencyjnego opodatkowania w ramach IP BOX i wystąpił z pytaniem, czy jego działalność spełnia przesłanki do uznania jej za działalność badawczo-rozwojową.

Organ podatkowy w związku ze złożonym przez podatnika wnioskiem o wydanie interpretacji, odmówił wydania odpowiedzi i pozostawił go bez rozpatrzenia. Powyższe umotywował faktem, iż Dyrektor KIS jako organ podatkowy nie jest uprawniony do samodzielnego ustalenia stanu faktycznego opisanego we wniosku.

Powyższe stanowisko zostało zakwestionowane przez sąd pierwszej instancji, oraz ostatecznie przez NSA, który stwierdził, iż: ,,nie można żądać od podatnika ubiegającego się o interpretację indywidualną, aby we własnym zakresie rozstrzygnął on, czy podejmowane przez niego czynności stanowią działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38-40 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.” (wyrok NSA z dnia 13 stycznia 2022 r., sygn. II FSK 1333/21).